L'histoire se déroule quatre ans après la trame des premiers jeux vidéos de la série .Hack. Shugo et Rena, frère et sœur jumeaux de quatorze ans, découvrent le MMORPG The World. Rena gagne l'accès de deux personnages très rares qu'elle incarnera avec son frère, que Black Rose et Kite. Une légende est associée à ces deux personnages et les jumeaux tentent de la résoudre. Après de stupides petites disputes, Aura leur apparaît et leur confie le bracelet du Crépuscule, l'aventure commence...